【速報】マイカー通勤の非課税枠が拡大！４月に遡って適用されるため年末調整時に要注意

以前のブログ（2025年3月25日）で、通勤手当の非課税限度額のルールについて解説しました。

しかしながら、2025年11月20日に施行された改正により、マイカーや自転車通勤の方の非課税限度額が引き上げられました。

しかも今回の改正は、「2025年４月１日に遡って」適用されます。 つまり、これから行う年末調整での再計算が必要になるということです。

経理担当者、経営者はもちろん、税理士にとっても急ぎの対応が必要な案件ですので、ポイントを整理して解説します。

改正の概要（マイカー・自転車通勤が対象）

今回の改正は、ガソリン価格の高騰などを踏まえた措置です。 対象となるのは、マイカー、自転車などの「交通用具」を使用して通勤している人です。

電車やバスなどの公共交通機関を利用している場合の限度額（月額15万円）に変更はありません。

新しい非課税限度額（いくら増えた？）

具体的にどのくらい限度額が上がったのか、新旧を比較してみましょう。 特に片道10km以上の通勤をしている従業員への影響が大きいです。

このように、距離が長くなるほど非課税枠が大きく拡充されています。

「片道２km未満」や「公共交通機関」は変更なし

前回のブログで強調した「通勤距離 片道２km未満 の通勤手当」については、改正後も変わらず「全額課税」です。 また、２km以上10km未満の区分も4,200円のまま据え置きとなっています。

あくまで「ガソリン代などの負担が大きい中・長距離通勤者」への配慮という性質が強い改正です。

【重要】年末調整で「４月分から」精算が必要

今回の改正で最も注意すべき点は、2025年（令和７年）４月１日以後に支払われる通勤手当から適用されるという点です。

しかし、４月から11月の給与計算では、旧ルールの低い限度額で計算してしまっているはずです。 つまり、「本来は非課税でよかったのに、課税して所得税を引いてしまっていた」という状態が起きています。

そのため、会社側は以下の対応が必要です。

1. 対象者の洗い出し （片道10km以上のマイカー・自転車通勤者）
2. ４月〜11月支給分の再計算 （新限度額と旧限度額の差額を計算）
3. 年末調整で精算 （払いすぎていた所得税を従業員に還付・調整）

今年の年末調整は、103万円の壁の対応の改正だけでなく、この通勤手当の改正も加わるため、経理担当者の負担は例年以上に大きくなります。遡って適用される改正は、たとえ減税であっても、なかなかありがた迷惑な改正です。

なお、年末調整の作業時に作成する「源泉徴収簿の記載例」が国税庁ホームーページで公開されていますので、必要に応じてご確認ください。

【国税庁HP：年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例】
https://www.nta.go.jp/users/gensen/2025tsukin/pdf/02.pdf

源泉所得税の納付に関する注意点

多くの企業では年末調整で精算を行いますが、もし年末調整で精算しない場合（中途退職者など）は、確定申告で精算してもらうか、源泉徴収票の「支払金額」等の訂正が必要になるケースもあります。

実務上は、在職者については「今年の年末調整」で一括して計算し直すのが最もスムーズです。

2026年4月にも改正予定あり

次の２つの改正がされる予定です。

①片道65km以上から100km以上までを5km刻みで新たに区分し、上限額は月額66,400円
②駐車場などの利用に対して、１ヶ月あたり5,000円を上限とする通勤手当を新設

①より②の方が影響ありそうです。駐車場の利用は今まで非課税枠がなかったため、ありがたい改正と言えますね。

まとめ

今回の改正は、従業員にとっては「手取りが少し増える（税金が戻る）」嬉しいニュースですが、会社側にとっては事務処理が煩雑になるニュースです。

前回のブログでもお伝えしましたが、税務調査で「通勤手当の課税区分」が確認されることがあります。 特に今回は「改正への対応ができているか？（４月に遡って正しく計算し直しているか？）」が、今後の調査でのチェックポイントになるでしょう。

「うちは距離まで細かく管理していない」 「再計算の方法が合っているか不安だ」そのような場合は、早めにご相談ください。

当事務所は、複雑な改正対応もしっかりサポートし、万が一税務調査となった場合でもお客様を全力でお守りします。

年末調整の対応でお困りの方は、お気軽にお問い合わせください！

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